本学科源于1959年原核工业部创建的衡阳矿冶工程学院电子工程系，1984年开始面向全国招收计算机专业本科生，是湖南省乃至全国最早开设软件专业的院校之一。2003年获批计算机应用技术硕士学位授权点，2005年软件工程专业招收本科生，2011年获批为教育部卓越工程师人才培养计划试点专业，同年获得软件工程一级学科硕士学位授权点。2017年软件工程在教育部第四轮学科评估中在省属高校中排名第一，同时在2019年的湖南省普通高校本科专业综合评价中排名全省第一，这也是南华大学参评专业中首个第一。2019年软件工程专业同时获批首批国家级一流专业建设点（“双万计划”），这是南华大学软件工程在近些年取得的里程碑式的突破和发展。

学科围绕学校“核特色、医品牌、环保优势”特色和底蕴，面向行业和国家软件产业发展需求，坚持学科交叉，以可信计算、领域软件工程、大数据、人工智能等理论为基础，重点研究大型复杂关键软件系统的软件开发模式、软件工程管理、软件验证与确认、软件质量评估等关键技术，着重于核、医行业领域应用，形成了多个稳定研究方向。与环保部核与辐射安全中心、中国核动力研究设计院、中国辐射防护研究院、中核四零四厂、国电投软件中心、香港科技大学、清华大学、国防科技大学等涉核单位和国内外知名高校建立了紧密的联系，共同申报和承担了多项国家和省部级科研课题，课题经费达数千万元。尤其是参与的中核集团国家重点科技专项“龙腾科技创新计划”，为中国核电软件自主化做出了极其重要的贡献。本学科每年为十余家企事业单位完成各种涉核项目，并帮助培养和培训生产基层领导干部、技术负责人等。产生了很好的社会效益和经济效益，为中国核能开发、核设施退役等提供强有力的支撑

学科目前建有中核集团高可信计算重点学科实验室、湖南省智能装备软件评测工程研究中心，湖南省医疗大数据国际科技合作基地、湖南省研究生培养校企合作人才培养示范基地、湖南省研究生计算机类专业校企合作人才培养示范基地、湖南省创新创业教育基地等省部级平台以及衡阳市大数据技术工程技术研究中心等市厅级平台。

本学科承办中国人工智能学会智能教育分会全国年会、湖南省计算机学会年会、中核集团高可信计算重点学科实验室学术年会等一系列重要学术会议。并且与香港科技大学共同发起设立石鼓-香江医疗大数据论坛，每年不定期举行学术会议。还与美国、新加坡、芬兰、英国等国家的十多所高校有稳定的人才培养合作和学术交流。软件工程学科还先后承办了中国软件测试大赛在内的多项高水平学科竞赛，在软件工程行业内取得了较大的影响力。